La gente de MysqlPerformanceBlog, autores del libro High Performance Mysql han publicado una presentación que dieron hace poco en la OSCON 2008 (Conferencia de Open Source).
Basicamente dice algo que ya sabiamos.
1- Usad InnoDB si podeis.
2- Olvidaos de los motores que no sean InnoDB, MyISAM y NDB (para cluster).
Todo esto viene a que está muy en boga probar las nuevas versiones de Federated, y Maria (no son las galletas, es el nombre del futuro motor de almacenamiento de MySQL), y todo parece indicar que lo único que pueden daros son problemas.
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